El propósito de este programa es apoyar el planteamiento y ejecución de estrategias para la conservación de la fauna, flora y ecosistemas marinos de Chile, por medio de la información científica obtenida en sus diferentes investigaciones.

Basa sus acciones en la búsqueda del conocimiento sobre aspectos de la biología, ecología y funcionamiento de especies y ecosistemas marinos, especialmente de aquellos con problemas de conservación.